Das Heinrich-von-Gagern-Gymnasium wurde im Jahr 1888 als Kaiser-Friedrichs-Gymnasium eröffnet. Namenspatron des humanistischen Gymnasiums war der damalige Kaiser Friedrich III, der zu jener Zeit in Deutschland regierte.
Nach dem 2. Weltkrieg hieß unsere Schule zunächst "Staatliches Gymnasium Frankfurt am Main".
Genau am hundertsten Jahrestag der Eröffnung des Frankfurter Paulskirchenparlaments verlieh der Kultusminister der Schule den Namen Heinrich-von-Gagern-Gymnasium nach Heinrich von Gagern, dem Präsidenten der Deutschen Nationalversammlung.
Am Heinrich-von-Gagern erinnert eine von Schülern geschaffene Sandsteinskultpur im Schulhof, die im November 1998 aufgestellt wurde (Gagern-Denkmal).